1、证件缺失或损坏

若公司长期未运营导致营业执照丢失或损坏，需首先在报纸上发布遗失声明，随后向工商部门申请新的营业执照，之后才能正常进行公司注销。

2、税务问题未解决

税务注销是公司注销的前置条件。如果公司存在欠税、未缴罚款或税务异常等情形，将无法获得清税证明，进而无法完成公司注销。此时，公司需补缴税款、滞纳金或罚款，处理所有税务异常后，税务局将开具清税证明，随后才可进行公司注销。

3、股权变更手续不完整

若公司历史上进行过股权变更但未进行相应的税务变更，或股权转让产生的税金未缴纳，需先完成税务变更并缴纳相关税金，之后才能进行公司注销。

4、财务报表存在问题

若公司财务报表不齐全或存在问题，如未处理的应付款、应收款、存货、固定资产余额以及未分配利润等，需先解决这些问题，因为公司注销时需要审查过去三年的财务报表。

5、存在分支机构

如果公司有分公司、子公司等分支机构，不能直接注销母公司。需先注销这些分支机构，然后再进行母公司的注销。

6、公司名下财产未处理

公司名下的无形资产和有形资产需妥善处理。若资产处理不当，不仅会给公司带来损失，还会影响注销流程。