以下特殊情况的公司不能直接注销：

证件不齐全

由于长期不经营了，营业执照等证件找不到了，这个时候要先登报遗失，再去把丢失的证件都补齐了，才能够进行公司注销。

公司以前有过股权变更的，但是没有进行税务变更，这个时候也是不建议直接注销公司的。要先把税务变更好了，才可以进行公司注销。

税务异常

注销公司要先注销税务，如果税务方面有欠税的、有异常的，是不能注销的。

要先把税务异常处理好，把该补的税补好，涉及到罚款的也要把罚款交了，这个时候才能够进行公司注销。

股权变更没有进行税务变更

公司以前有过股权变更的，但是没有进行税务变更，这个时候也是不建议直接注销公司的。

要先把税务变更好了，才可以进行公司注销。

没有凭证、账本、报表

公司没有凭证、账本、报表这类的财务数据的，也是不能直接注销公司的。

因为当公司注销的时候，需要查账三年的纳税申报的报表的。这时候，只有把过去的账都补齐了，才能进行公司注销。

公司下面由分支机构或者子公司没注销的

要想注销母公司，必须把母公司下面的分公司、子公司全部注销掉才可以注销母公司，不然是没有办法注销母公司的。

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