公司章程和合伙协议在公司治理中都起到了重要的作用，但它们是两个不同的概念，具有不同的功能和特点。

公司章程是公司内部的规章制度，用于规定公司的组织结构、管理制度、权利义务分配等重要事项，是公司运营的基础。公司章程通常由公司股东制定或修改，并经公司登记机关核准登记后生效。在公司运营过程中，公司章程具有法律约束力，是公司行为的准则。

合伙协议是合伙人之间就共同出资、共同经营、共担风险的协议。它是合伙人之间的一种合同关系，用于约定合伙人之间的权利义务、利润分配、债务承担等事项。合伙协议是民事法律关系，受民法典保护。

虽然公司章程和合伙协议都是用于规定组织内部事务的文件，但它们具有不同的法律性质和适用范围。在公司中，公司章程不仅适用于股东，还适用于公司高管、董事、监事等，是公司内部管理的Zui高准则。而在合伙企业中，合伙协议只适用于合伙人之间，不能约束其他人员。

因此，公司章程和合伙协议虽然具有一定的相似性，但它们并不是同一个概念。在公司治理中，公司章程和合伙协议应该分别制定和执行，以确保组织内部的规范和管理。